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在过去很长一段时间，各路人马对日本人的起源众说纷纭，莫衷一是。自古以来，在日本即有“天孙降临”的典故，中国则有“徐福东渡”的传说，中日之间更有“同文同种”的说法。但随着科技的发展，考古学、人类学、民俗学、遗传学等学科越来越成熟，这些记载和传说也就越来越难以凭信。至于日本人究竟起源于哪？长期以来国内外特别是日本的学者对这个问题都进行了深入的研究与探讨。
迄今为止受到认可最多的说法是“混血说”，也被称为“移民说”与“杂交说”。它主张的是在日本旧石器时代，人们不断地同迁徙到日本列岛的其他种族混血产生新的人种。经过这种多元的融合以后，约公元前12000年形成了绳文时代人。绳文人的主要特征是低面、低框、低身材、巽他型牙齿，他可能是南亚人或中国南方人与日本原人的后裔。后来，由于蒙古利亚人、朝鲜、中国东北、华南等迁徙与融合又创造了弥生时代人。他的特征是高面、圆眼眶、扁平鼻骨、高身材、中国型牙。此后陆续有东北亚人从大陆移民到日本，共同创造了古坟文化。几经混血后形成了古代日本人，即是现代日本人的祖先。
日本是一个多元的民族，这种多元是极其复杂的。虽然“混血说”受到广泛的认可，但许多人认为这种演变不是断裂的，而是连续的。日本原始文化被分为两大阶段。第一阶段是绳文时代人，第二阶段则是弥生文化的“渡来人”。不可否认，早在绳文晚期，中国大陆文化便陆续传入日本。至弥生时代，人们就已经掌握种植水稻和旱田的耕作技术，使用铁制、青铜等生产工具。秦始皇就是这个时候派徐福携三千童男童女前往日本求仙丹的。所以中国文化的迁入对日本文化发展具有不可估量的推动作用。而且，“渡来人”对日本的影响较之绳文时代更为深广。但绳文文化与弥生文化不可能断裂独立存在，他们是继承发展的关系。换句话说，是绳文人吸收了外来人群的先进文化，并与之融合产生新的弥生文化。与此同时，绳文人仍然存在。
所以现在的日本列岛上以这三种人为主：大和人、阿伊努人、琉球人。
1、大和人是绳文人和弥生人“混血”后裔，在日本占主要部分。
2、阿伊努人（又称“虾夷人”），生活在日本的北海道，目前仅仅只有2万多人了。他们是最早来到日本列岛生活的土著民，原本分布在整个日本。但由于东北亚系人种的迁移，他们不断北迁并被迫与外族“杂交”。现今纯正的阿伊努人所剩无几。也有人认为现今的阿伊努人是绳文人的后代。
3、琉球人，1879年，日本正式吞并琉球，改名冲绳县。日本政府强制混血，同化琉球人，导致如今琉球人和日本“大和”民族人长相几乎接近。
虽然“混血说”基本上得到肯定，但对于外来移民者的来源地依然存在不同的看法。因为人骨材料涉及的出土的地点和时代都有限，比如缺乏弥生时代初期关于长江或江淮流城的人骨资料。而对朝鲜半岛的人骨研究也不是很清楚。尽管人骨形态显示江苏三星村与日本渡来系弥生人最接近，但时代上还有2000年的差距。此外，还缺乏古代人骨DNA的研究结论。所以单从目前对遗址人骨的对比和分析，还无法得出一个明确的答案。
当然“混血说”也不是被所有人认可，还有不少学者坚持“日本原人说”。其根据是对1400个古人类化石进行比较与考察后，发现日本旧石器时代人与阿伊奴人、现代日本人均有血缘联系。阿伊奴人即是“原日本人”，他们是由通古斯族朝鲜等族的共同祖先分化出来，属于阿尔泰蒙古族人。京都大学教授滨田耕作根据“河内国府遗迹”同一处地层出土的绳纹式弥生式陶器，推断出绳文文化和弥生文化均属同一人种——“原日本人” 所创造。西村真次博士则根据人类学上的头型、鼻型、发色、血型与指纹等特征，认为日本人的祖先是以原日本人为中心，由尼格利托( negrito,俾格米人)、印尼人、印支人、汉人等种族混血而形成。
虽然对于日本人起源的学说上有分歧，但母庸置疑的是：日本人的祖先最早出现在旧石器时代，后来经过不断地混血融合，最后形成了日本人及其文化。其中来自中国人种、文化上的因素，贯穿日本原始时代的始终。
主体起源于东北亚大陆，还有少部分来源于南洋岛民。日本人属蒙古人种东亚类型，使用日语，虽然日语与汉语渊源很深但国际上认为是独立语系。在神话传说中，日本人是秦朝方士徐福带过去的童年童女的后代。
对于日本人的起源至今没有定论，日本人在旧石器晚期才有所发展，考古发现直到几十万年前才有来自于东北亚的古代人类移居日本列岛。
日本最早的古人类化石出现于10万年前，主要来自于朝鲜半岛、黄河流域、古代中原人、古代长江流域的吴越人，还有少量来自于东南亚的马来人与印支人。
如今日本人的Y染色体构成中，CM130占据8.5%，DM174占据34.7%，OM175占据54.2%，日本人基因中还有20%以上M122，也就是古中国人基因，后来突变为了 M134，也就是古羌人，以及汉人的M117与藏人的M133。也就是说，日本人来源于大陆地区。
冰河时代，日本列岛与大陆连成一体，大量大陆古人类移到了日本列岛，而后春秋战国时代，大量中原人为了躲避战乱而移民日本，逐渐形成了如今的日本人祖先。
日本是与我国一衣带水的邻邦，自古以来，中日之间的交流就非常频繁。从东汉时的最初交往，到唐朝时遣唐使的繁盛，日本从中国学习了礼乐文明、社会制度、汉字的读写等先进成果。近代以来，日本自己创造的经济、科学、商业、组织等词语又反过来给中国的维新志士提供了借鉴。在历史上，中日有过睦邻友好，也有过兵戎相见。
那么，生活在我们“卧榻之畔”的日本人到底起源于哪里呢？
日本列岛临近海洋，又多山地地形，不管是渔业资源还是山林资源都很丰富。依据考古发现，日本列岛在距今一万年前的新石器时代就有了居民，他们是传统的母系氏族，女性在部族中掌管食物和日常劳作任务的分配等工作，部落的住民则凭借狩猎、捕鱼和采摘等方式取得食物。
从一万年前一直到公元前200年左右的这个时期，日本先民们烧制的陶器表面都有绳状的花纹，所以日本最早的文化又被称作“绳纹文化”。
“绳纹文化”承载着日本人发展的文化脉络和历史信息。那么，创造这一文化的日本人到底来自哪里呢？
日本是个岛国，他的人民当然不会是自己进化成的，按照学者们的推测，日本人最早应该是由日本列岛西北部地区的通古斯人组成的，欧亚大陆的东侧距离日本的诸岛屿并不是很远，其中的海峡较短、海面平静，也便于人口的迁徙。相对于西伯利亚的高寒，日本列岛受海洋影响，温暖湿润，非常宜居。于是最早，日本的居民应该就是来自北方的流浪民族。
后来，日本列岛的南部也迎来了居民——从东南亚迁徙而来的马来人，这两个民族构成了日本民族最早的模样。大约在公元前1000年左右，中国、朝鲜等地的居民也有的远渡重洋，来到日本列岛，他们或是犯罪被流放，或是不满当时的生存状态，前往海外避世，还有一点就是想要探究海那边的状态。
大致成书在我国战国至汉朝时期的《山海经》，是一本涉及非常广博的志怪书籍，它之所以被人们熟知，大多是因为其中的珍禽异兽、神人仙境。可是，近年来，它的地理价值被逐渐重视起来。在这本书中，便记载道：“盖国在钜燕南，倭北。倭属燕。”
除了对日本位置的记载，《山海经》里还有对中原地区人民东渡日本的记载，如果所录为实，那么无疑为日本民族的形成提供了重要的文献资料来源。连今天美洲境内的印第安人，都能够被认为是商朝百姓的后代，何况离我们近很多的日本呢。
在日本人来源这一问题上，还有一个得到广泛关注和流传的说法，那就是流传很广的“徐福东渡”。秦始皇扫灭六国，建立大一统的秦朝，并成为了秦国的“始皇帝”，功绩彪炳千秋，但站上了权力的巅峰，就会贪恋皇位。晚年的秦始皇消耗大量钱粮物资，都是为了寻求长生不老的方法。
秦始皇高价悬赏仙药的举动，吸引了许多自称能够找到仙岛、仙人的方士，其中之一便是徐福。据《史记》记载：“齐人徐（福）等上书，言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。请得斋戒，与童男女求之。于是遣徐发童男女数千人，入海求仙人。”
徐福对秦始皇宣称，海外有蓬莱、方丈、瀛洲三座仙岛，其中都居住着仙人，要是找到他们，便能够求得仙药。一心长生的秦始皇便满足徐福的要求，赐给他数千童男童女，并备齐各种物资，让他入海寻仙。
而徐福的这一举动，则有很多种猜测。有的人主张，徐福是齐人，他携带童男童女、各种技术工具等等，是为了携带齐国后人去海外避乱。或是认为徐福不满秦始皇的暴政，趁寻药的机会前往海外，不再回来，这和陶渊明《桃花源记》中的神秘村落有异曲同工之妙。
“徐福东渡”还有一个很有意思的说法，那就是是他在韩国地留下的痕迹。韩国国土以南，有一个名叫“济州岛”的海岛，在今天，它是著名的旅游胜地，在秦时，它被称作“瀛洲”，正是三仙岛之一。在济州岛的一处峭壁，刻有“齐臣徐巿，迁王过之。”的字样，当地人们的传说，徐福曾经到过这里。而日本则有着纪念徐福的神社、寺庙甚至陵墓。
这样看来，徐福是很有可能先到达济州岛，又前往了日本，并不再回到中原，日本民族的发展过程中，也就融合了徐福和他携带的童男童女，虽然没有确凿的史料记载，但就算是一个传说，那也是美丽和神奇的。
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